Los estudios estructurales de moléculas se pueden desarrollar perfectamente aprovechando los efectos que tiene la radiación electromagnética (comúnmente la luz) cuando interactúa con la materia.
Es lo que se conoce como espectroscopía. Existen muchos tipos de espectroscopía pero las que se usan frecuentemente con nanopartículas son la espectroscopía Raman y la IR.
Mucho más la primera que la segunda. Gracias a colocar nanopartículas en contacto con la molécula objeto de estudio podemos trabajar con concentraciones anormalmente bajas, ya que esa interacción de la luz con la materia sufre un efecto de intensificación gracias a lo que se conoce como plasmón de resonancia localizado en superficie. Y eso lo provocan las nanopartículas metálicas. El uso de esas nanopartículas como vehículo para estudiar moléculas usando la espectroscopía Raman se conoce como SERS (Surface Enhanced Raman Spectroscopy).
Con esta técnica es posible conocer el comportamiento y la estructura de moléculas a muy bajas concentraciones e incluso simular las concentraciones reales que se pueden encontrar en entornos muy concretos. Para determinadas moléculas es posible trabajar en concentraciones de ppb (partes por billón), no en vano vulgarmente se conoce a la técnica como la que permitiría estudiar una sola molécula (one single molecule).